Os primeiros alicerces da colonização da região remontam aos princípios do século XVII. Pelos colonizadores do caminho que ligava o litoral às minas de Goiás. Concedida a Sesmaria a Manoel de Castro datada de 09 de agosto de 1728, no ribeirão de Água Quente. Foi a primazia de posse legal no território, constituindo as Estâncias de Lindóia e Águas de Lindóia.
As primeiras construções, anteriores às de Manoel de Castro, foram feitas pelos Bandeirantes, para servirem de pouso nas suas caminhadas rumo às novas minas do Sertão Guayanazes. A tradição afirma que a região naqueles tempos, constituía território de ferocíssima tribo indígena. Vestígios desta civilização indígena, estão sendo encontrados, através de escavações como provam diversos instrumentos feitos em pedra de posse de moradores.
Permaneceu estacionária por muitos anos a região, até 1820, quando alguns imigrantes portugueses e espanhóis, oriundos de Atibaia – Bairro da Guardinha, se desentenderam com o Governador da Capitania de São Paulo, e fugiram, se fixando às margens do Cezar, segundo a história contada pelos antigos.
Na década de 1920, Com a comercialização de Água de Lindóia pelo Dr. Francisco Tozzi, às Termas de Lindóia, que fazia parte do Distrito de Lindóia, tornou-se conhecida em todo o Brasil e no mundo. Em 1921 teve início a construção da estrada ligando Lindóia, ao bairro da Água Quente, depois termas de Lindóia.
Com o falecimento do Dr. Tozzi sucedeu-lhe seu genro Dr. Vicente Rizzo. No Governo de Ademar de Barros, através do Decreto nº 9731 de 16 de novembro de 1938, cria a Estância Hidromineral de Lindóia.
Em 1953 numa campanha, comandada pelo Deputado Narciso Peroni, foi transferida a sede de Lindóia para a Thermas de Lindóia – com a denominação de Estância Hidromineral de Águas de Lindóia, passando Lindóia a ser simplesmente Distrito de Paz. Em 1965 pela Lei nº. 8092, Lindóia adquiriu a sua emancipação Política Administrativa.
Em 1970 no dia 29 de maio pelo decreto 229, Lindóia foi instituída em Estância Hidromineral, condição que perdeu ao ser transformada em Turística para obter autonomia eleitoral, mas graças ao trabalho do Deputado Manteli Neto, a partir de 9 de maio de 1986, voltou a condição de Estância Hidromineral, com lei sancionada pelo Governador Franco Montoro.